Fue fundada como Cofradía de Armas en 1156 por varios caballeros deSalamanca, a cuyo frente figuraba don Suero Fernández Barrientos, que lucharon denodadamente contra los moros en la fortaleza de San Julián del Pereiro, y confirmada por el Papa Alejandro III en 29 de diciembre de 1l77 en calidad de Orden de Caballería. En sus comienzos se llamó Orden de San Julián del Pereiro. Por consejo del ermitaño Amando adoptó la regla del Císter y fue enriquecida por el Rey Fernando II de Castilla y por el Papa Alejandro III en 1177 con libertades y privilegios. El Pontífice Lucio III, en 1183, la eximió de la jurisdicción de los ordinarios diocesanos, poniéndola bajo la custodia directa de la Santa Sede, obligándose la Orden a la defensa de la fe y a la guerra perpetua contra los moros.

Vestían sus miembros túnica de lana blanca muy larga y capa negra, que sustituían por un manto blanco en las ceremonias solemnes, adoptando como blasón un peral silvestre con las raíces descubiertas y sin hojas sobre campo de oro; modernamente adoptaron como distintivo una cruz flordelisada de sinopIe. En el capitulo XIV de sus definiciones se establecía que ningún caballero fuese osado de recibir los sacramentos sin el manto blanco, que debía también ser su sudario.

Cuando había paz o tregua los caballeros de Alcántara permanecían en el convento. Desde el año 1213 tuvo su sede en la villa de Alcántara de la que tomó el nombre, habiéndoles sido donada por el Rey Alfonso IX de Castilla. Después de haber caído en gran decadencia a causa de discordias interiores, fue restablecida en su antiguo vigor por el Maestre don Juan Zúñiga, nombrado para el desempeño del maestrazgo en 1479. En 1494 fue incorporada a la Corona por los Reyes Católicos, igual que habían hecho con las Órdenes de Santiago y de Calatrava. Su 37º y último Gran Maestre independiente, el mencionado don Juan de Zúñiga, resignó su autoridad previa aprobación de la Santa Sede y fue nombrado Cardenal Arzobispo de Toledo.

En 1546 se autorizó el casamiento de los caballeros, que sustituyeron el voto de castidad por el compromiso de defender el dogma de la Inmaculada Concepción. Contaba la Orden aún 134 lanzas en el siglo XVI y 120 en el XVII. Hasta la ocupación de los franceses en 1808 poseyó la Orden 35 comendadurías con 53 villas y aldeas, dos conventos de comendadores y un colegio en Salamanca fundado por Felipe II, siendo Príncipe, en 1552. Como aconteció con las Órdenes de Santiago y de Calatrava fue en época moderna una corporación meramente nobiliaria.

La I República suprimió esta Orden en 1873, pero Don Alfonso XII la restauró en 13 de enero de 1875.

Sus dignidades son:

- Gran Maestre, que como en las otras Órdenes lo es siempre el Rey,
- Comendador Mayor,
- Clavero,
- Gobernador eclesiástico del priorato del sacro convento,
- y los priores de Mazarela, Zalamea y Rollán.

Los caballeros ostentan su correspondiente cruz sobre el pecho en el uniforme y en el costado izquierdo en el manto capitular.

Gran prosperidad alcanzó la villa de Alcántara y su territorio bajo el gobierno de los Maestres. La industria contaba fábricas de paños, de sayales, de jergas y de lienzos, y en tanto número que los batanes maleficiaban las aguas del Tajo. El comercio se hacía principalmente por Lisboa, sirviéndose de barcas grandes y veleras; exportaba curtidos, calzado, lienzos, cera, ganados, granos, pasas y vinos. La decadencia de Alcántara y demás poblaciones del patrimonio de la Orden, data de la incorporación del maestrazgo a la Corona.

Como destacados hechos de armas de esta insigne corporación diremos, que ya su fundador don Suero tuvo la gloria de morir en un combate. Su sucesor, don Gómez Fernández, también fundador, segundo prior y primer Maestre por Bula del Papa Lucio III de 1183, tomó parte en la batalla de Argañán contra una irrupción de los portugueses en los dominios de la Orden y en la victoria obtenida en Ciudad Rodrigo contra los almohades. Sabedores los caballeros de Alcántara de que Alfonso VIII preparaba una acometida en la Extremadura musulmana, ofrecieron sus servicios al Rey, siéndoles aceptados, y teniendo así ocasión de llevar triunfalmente el pendón castellano hasta las playas de Algeciras, y cuyas repetidas victorias acrecentaron el optimismo del monarca, induciéndole a aquella jactanciosa provocación al emir Aben-Yussuf, que tuvo por consecuencia la derrota de Alarcos. El Rey encomendó a los alcantarinos la guarda de Trujillo, donde fundaron un convento, y les donó el mismo Alfonso VIII la villa de Ronda, cerca de Montalbán.

La toma del castillo de Almeida, efectuada con auxilio de los caballeros de Santiago, es también un hecho notable. En 1221 el Maestre don Nuño Fernández, habiendo recibido el pendón de manos del Rey en Ciudad Rodrigo, reunió un buen número de caballos y de infantes y cayó sobre Valencia de Alcántara, adueñándose de ella. También se distinguieron en la toma de Badajoz. El Maestre don Arias Pérez recobró de los moros la ciudad de Trujillo, y las plazas de Magacela y Zalamea, apoderándose en una segunda campaña de Medellín. El Maestre don Gutierre Gómez de Toledo murió en 1365 habiendo tomado parte en la lucha fratricida entre Don Pedro I y don Enrique II.

También merece hacer alusión al Maestre don Martín Yañez de Barbudo. Desastroso fue su final; un ermitaño del Santuario de Nuestra Señora de los Hitos, cerca de Alcántara, llamado Juan de Sayo, que gozaba fama de santidad, le dijo que sabía por revelación divina que habría de tomar Granada sin perder ni un solo hombre. El Maestre, concedió crédito al visionario y envió dos escuderos al rey de Granada, mofándose de su religión y retándole a singular combate entre ambos, o entre caballeros que eligiesen, siendo dobles los moros que los cristianos. Los mensajeros fueron presos y maltratados lo que enfureció al Maestre y le empujó a marchar sobre Granada. Salió la expedición, llevando delante una cruz y el pendón de la Orden. Llegó a Córdoba donde mentes sensatas quisieron disuadirle de su descabellado proyecto, pero alegó que obedecía por mandato divino, se alborotó el pueblo y hasta se le agregaron cinco mil ciudadanos, confiando ciegamente en la protección de Dios. En Egea le mataron tres caballeros y entonces acusó al ermitaño de mentiroso, pero este aseguró que en la batalla resultaría victorioso porque así se lo había revelado Dios. Entretanto, el reino de Granada ya estaba en armas: cinco mil jinetes y más de ciento veinte mil infantes esperaban al tozudo Maestre. Salieron y sorprendiendo a las huestes de don Martín Yáñez hicieron tal matanza que fueron pocos los que lograron escapar, pagando, el crédulo Maestre, el crédito concedido al ermitaño.

Los historiadores de la Orden, en fin, unen su historia con la de todos los sucesos prósperos y adversos de la monarquía castellano-leonesa. Citaremos también el desgraciado suceso acontecido al Maestre don Gutierre de Sotomayor, mediado el siglo XV, al que estaba encomendada la guarda de Écija; por confidencias que tuvo resolvió atacar Ubrique y sus cercanías y conducido por guías poco prácticos se adentró en unos desfiladeros, viéndose envuelto por la morisma con tan mala suerte que fueron completamente deshechas sus fuerzas, salvándose apenas el Maestre y un centenar de los 1000 infantes y 800 jinetes que le acompañaban.

Al 36º Maestre, don Alonso de Monroy, se deben desgraciadamente las guerras entre cristianos que sostuvieron León y Extremadura en el último tercio del mismo siglo XV. Su participación en la toma de Granada fue el último hecho de armas de los caballeros de Alcántara, como Orden independiente, efectuándose su incorporación a la Corona en 1494, siendo su último Maestre don Juan de Zúñiga, si bien tuvieron muchas otras ocasiones de distinguirse caballeros alcantarinos en cuantas ocasiones tuvo que habérselas España con sus enemigos, aunque, al igual que lo sucedido con Santiago y Calatrava, desde su incorporación a la Corona sus miembros sólo tuvieron un carácter estrictamente nobiliario, siendo su emblema una cruz de sinople flordelisada.

A partir del siglo XVII un cuerpo de Caballería del Ejército, español despliega en su estandarte la cruz de Alcántara. Fue creado en los Países Bajos por el Maestre de Campo don Juan Francisco Nestien, con ocasión de aumentar las fuerzas de caballería que allí operaban, bajo el reinado de Felipe IV.

Las acciones de este regimiento se basan en numerosos hechos de armas, hasta culminar en la guerra de la Independencia, donde el veterano tercio de Alcántara luchó en Somosierra, Aranjuez, Puente del Madero, Vich, Figueras, Murviedro, Valls y Valencia.

Quienes pretenden el ingreso en esta corporación han de probar en sus cuatro primeros apellidos ser hijodalgo de sangre a fuero de España, y no de privilegio, con escudo de armas, de acreditación fehaciente, también por las cuatro líneas, y ser descendiente de casa solar él, su padre, madre y abuelos, sin haber tenido ninguno de ellos oficios viles, mecánicos o industriales. Tampoco se puede conceder hábito a persona que tenga raza ni mezcla de judío, moro, hereje, converso ni villano, por remoto que sea, ni el que haya sido o descienda de penitenciado por actos contra la fe católica, ni el que haya sido o sus padres o abuelos procuradores, prestamistas, escribanos públicos, mercaderes al por menor, o haya tenido oficios por el que hayan vivido o vivan de su esfuerzo manual, ni el que haya sido infamado, ni el que haya faltado a las leyes del honor o ejecutado cualquier acto impropio de un perfecto caballero, ni el que carezca de medios decorosos con los que atender a su subsistencia.